農業水利施設機能総合診断士（以下、「機能総合診断士」という）は、農業土木事業協会が実施する講習会を受講し、さらに試験により一定水準の農業水利施設の機能診断技術を有すると認定され、登録した者に与えられる資格です。
　機能総合診断士には、既存の農業水利施設を対象に、それらの機能を調査し、劣化の判定と機能回復のための保全対策を立案する業務に従事していくことが期待されています。
　一定地域の用排水を管理するにあたっては、ダム、頭首工、用排水路、ポンプ場等の個々の構成施設が一つのシステムとなって、初めてその機能を発揮することができます。したがって、幹線水路のみの部分的な農業水利施設を機能診断する場合でも、全体の農業水利システムの機能・特性を理解したうえで、機能診断することが重要です。
　また、対象施設が、頭首工、開水路、トンネル、パイプライン、ポンプ場等多岐に亘るため、機能総合診断士は、農業水利施設の基本的な機能診断を行うとともに、必要に応じて各分野の専門技術者の協力を得て、各施設の詳細な診断結果をもとに農業水利システムとしての総合的な機能診断・評価、経済比較を行い、最適機能保全計画を策定します。

　農林水産省は、既設の農業水利施設に対するストックマネジメントの本格的な実施に対応するため、同資格の積極的な活用を図るため、平成20年度からストックマネジメント・機能診断業務の実施の際、プロポーザルで技術者評価の加点対象になりました。
農業水利機能総合診断士は、農業水利施設の機能診断調査、評価、判定を行い、最適な整備計画を策定するストックマネジメントのエキスパートです。